Penapisan Virtual Senyawa Bahan Alam dengan Target Reseptor Glukagon-Like Peptide-1/ Glp-1 sebagai Antidiabetes
DOI:
https://doi.org/10.56359/pharmgen.v4i3.961Keywords:
Diabetes mellitus, senyawa bahan alam, PVBS, simulasi dinamika molekul, reseptor GLP-1Abstract
Pendahuluan: Prevalensi global diabetes pada orang dewasa diperkirakan mencapai 537 juta pada tahun 2021, dengan prevalensi di Indonesia sebanyak 19,47 juta. Reseptor GLP-1 berbasis peptida telah diakui memiliki peran penting dalam pengobatan diabetes tipe 2. Penelitian ini menggunakan senyawa dari tanaman bahan alam Indonesia yang mengandung fitokonstituen untuk pengobatan diabetes mellitus dengan target reseptor GLP-1. Penapisan virtual berbasis struktur (PVBS) merupakan metode yang efektif dalam penemuan obat berbantuan komputer.
Tujuan: Melakukan penapisan virtual berbasis struktur dan simulasi dinamika molekul.
Metode: Digunakan metode penambatan molekul berdasarkan teori lock and key dan metode dinamika molekul berdasarkan teori induced fit.
Hasil: PVBS menggunakan program YASARA-Structure dari 74 bahan alam didapatkan hasil tanaman terbaik yaitu pada tanaman Buncis (Phaseolus vulgaris) dengan kode LTS0010950, memiliki energi ikatan yang rendah sebesar -9,73 Kkal/mol, terbentuk ikatan dengan asam amino Arg121, serta jarak ikatan 2,534 Å. Hasil simulasi dinamika molekul LTS0010950 menunjukkan snaphot ke-03 memiliki energi paling rendah sebesar -6.81 Kkal/mol dengan ikatan hidrogen yang terbentuk pada asam amino Arg121, jarak ikatan 1.778Å dan RMSD 100% kurang dari 2Å.
Kesimpulan Bahan alam buncis LTS0010950 disinyalir memiliki aktivitas terhadap reseptor GLP-1 untuk antidiabetes.
References
Aripin, N. H., & Ferdiansyah, R. (2022). Uji molecular docking dan bioinformatika terhadap meniran (Phyllanthus niruri L.) sebagai antivirus SARS-CoV-2 dan antikanker serviks. E-Journal Menara Perkebunan, 90(1), 11–22. https://doi.org/10.22302/iribb.jur.mp.v90i1.477
Erni setiawati, E. yuliastuti. (2023). Pengaruh Pendidikan Kesehatan Dengan Media Flipchart Tentang Diabetes Militus Terhadap Sikap Remaja di SMA MUHAMMADIYAH 1 BANJARMASIN. 4(6), 1093–1098.
Herdini, H. (2023). Studi In Silico: Senyawa Aktif Akar Senggugu (Clerodendrum serratum) terhadap Penghambatan Reseptor Human Chitotriosidase-1 (hCHIT1) sebagai Antiasma. Sainstech: Jurnal Penelitian Dan Pengkajian Sains Dan Teknologi, 33(2), 91–107. https://doi.org/10.37277/stch.v33i2.1717
Jannah, H., Sudarma, I. M., & Andayani, Y. (2013). Analisis Senyawa Fitosterol Dalam Ekstrak Buah Buncis (Phaseolus vulgaris L.). Chem. Prog., 6(2), 70–75.
Jheng, C. P., & Lee, C. I. (2023). Combination of structure-based virtual screening, molecular docking and molecular dynamics approaches for the discovery of anti-prion fibril flavonoids. Frontiers in Molecular Biosciences, 9(January), 1–14. https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.1088733
Khanifah, F., Puspita Sari, E., & Nugraha, G. (2024). Stability of Serotonin Transporter Essential Amino Acid Complex with Curcumin and Demethoxycurcumin Compounds as Antidepressant Candidates Based on In Silico Test. Journal Pharmasci (Journal of Pharmacy and Science), 9(1), 15–21. https://doi.org/10.53342/pharmasci.v9i1.412
Klin, W., Suppl, W., S, S., Harreiter, J., & Roden, M. (2023). Diabetes mellitus – Definition , Klassifikation , Diagnose , Screening und Prävention ( Update 2023 ). 135, 7–17. https://doi.org/10.1007/s00508-022-02122-y
Kurniawan, Y. S., Yudha, E., Nugraha, G., Fatmasari, N., Pranowo, H. D., Jumina, J., & Sholikhah, E. N. (2024). Molecular Docking and Molecular Dynamic Investigations of Xanthone-Chalcone Derivatives against Epidermal Growth Factor Receptor for Preliminary Discovery of Novel Anticancer Agent. Indonesian Journal of Chemistry, 24(1), 250–266. https://doi.org/10.22146/ijc.88449
Leukotrien, A., Pada, H., Kolon, K., & In, S. (2015). Potensi Senyawa Bullatalisin sebagai Inhibitor Leukotrien A4HIDROLASE Pada Kanker Kolon Secara In Silico. 5(2), 65–73.
Nauck, M. A., Wefers, J., & Meier, J. J. (2021). Review Treatment of type 2 diabetes : challenges , hopes , and anticipated successes. THE LANCET Diabetes & Endocrinology, 9(8), 525–544. https://doi.org/10.1016/S2213-8587(21)00113-3
Nugraha, G., & Istyastono, E. P. (2021). Virtual target construction for structure-based screening in the discovery of histamine h2 receptor ligands. International Journal of Applied Pharmaceutics, 13(3), 1–3. https://doi.org/10.22159/ijap.2021v13i3.41202
Nugraha, G., Pranowo, H. D., Mudasir, M., & Istyastono, E. (2022). Virtual Target Construction for Discovery of Human Histamine H4 Receptor Ligands Employing a Structure-Based Virtual Screening Approach. International Journal of Applied Pharmaceutics, 14(4), 1–6.
Pujiana, D., Sari, M., & Palembang, M. (2023). Pencegahan Diabetes Melitus Di Palembang. 9–18.
Qin, T., Zhu, Z., Wang, X. S., Xia, J., & Wu, S. (2021). Expert Opinion on Drug Discovery Computational representations of protein – ligand interfaces for structure-based virtual screening. Expert Opinion on Drug Discovery, 00(00), 1–18. https://doi.org/10.1080/17460441.2021.1929921
Sivakumar, T., & Deepa, B. (2023). A critical review on Antidiabetic Potential of Herbal plants and its their bioactive components. Journal of University of Shanghai for Science and Technology, 25(1), 303–314.
Wahjuni, S., Rustini, N. L., & Yuliantari, P. (2016). Pemberian Ekstrak Etanol Buah Buncis (Phaseolus vulgaris L.) Untuk menurunkan kolesterol total, low density lipoprotein (ldl) dan meningkatkan High Density Lipoprotein (HDL) Pada Tikus Wistar Diet Tinggi Lemak. Jurnal Kimia, Ldl, 103–109. https://doi.org/10.24843/jchem.2016.v10.i01.p14
Zhu, H., & Dkk. (2022). A Comprehensive Survey of Prospective Structure-Based Virtual Screening for Early Drug Discovery in the Past Fifteen Years. International Journal of Molecular Sciences, 23(24). https://doi.org/10.3390/ijms232415961
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2025 Pharmacy Genius
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
1.png)
